Каракалпакский медицинский институт был создан в 1956 году с целью подготовки научных кадров в области медицины Республики Каракалпакстан. Этот институт, признанный одним из крупных научных центров в области медицины Республики Узбекистан, был переведен из уровня среднего и профессионального колледжа в уровень института. Методическая поддержка, оказанная Каракалпакским медицинским институтом, Ташкентским медицинским институтом, направленная на студенческий обмен и повышение квалификации.